Description
La commande qsub permet de soumettre des tâches de calcul au système de batch en séquentiel ou en parallèle, selon des critères configurables par l'usager.

Page de manuel (anglais): `man qsub`.

Utilisation de base: qsub >script_de_tache<.

La commande qsub retourne immédiatement, sans erreur, si la tâche a été acceptée par le système de batch. La tâche ne sera pas obligatoirement exécutée immédiatement. Par contre, la tâche sera certainement exécutée, même si l'usager ferme la connexion avec la machine parallèle immédiatement après avoir lancé la commande qsub. Une fois qu'une tâche soumise est mise en exécution, les sorties "standard output" et "standard error" de cette tâche seront redirigées vers des fichiers localisés dans le répertoire de base de l'usager, portant des noms uniques constitués ainsi: nom_de_la_tache.oNN, nom_de_la_tache.eNN, où "nom_de_la_tache" est le nom du script de tâche soumis à qsub, "o" signifie standard output, "e"signifie standard error et "NN"est le numéro d'identification de la tâche, alloué par le système de batch.

Options utiles
  • -N nom_de_la_tâche - un nom pour la tâche, commençant avec une lettre. Par défaut le nom de la tâche est le nom du script de tâche soumis à qsub;
  • -now y[es]|n[o] - indique si la tâche doit être exécutée immédiatement ('n' par défaut);
  • -pe environnement_parallèle - instantie un environnement parallèle. Un tel environnement est requis pour exécuter des tâches parallèles (par exemple le code parallèle de MEF++, basé sur MPI). Les environnements parallèles disponibles sont indiqués par la commande qconf -spl (voir qconf);
  • -m b|e|a|s|n,... - indique si du courrier devra-t-être envoyé:
    • b - au début de la tâche;
    • e - à la fin de la tâche;
    • a - quand la tâche est abandonnée ou reprogrammée;
    • s - quand la tâche est suspendue;
    • n - jamais.
  • -j y|n - indique si le "standard error" doit être combiné avec le "standard output";
  • -o [machine:]chemin_d_acces/fichier - envoie la sortie standard de la tache soumise dans le fichier chemin_d_acces/fichier. La valeur par défaut est le répertoire de base de l'usager qui soumet la tâche. ATTENTION: il est préférable d'indiquer un chemin d'accès à l'intérieur du répertoire de l'usager (e.g. $HOME/sorties/ etc.); des chemins absolus vont faire en sorte que les fichiers de sortie seront créés sur le noeud de calcul choisi par SGE, ce qui les fera plus difficiles à retracer;
  • -e [machine:]chemin_d_acces/fichier - envoie la sortie d'erreur de la tache soumise dans le fichier chemin_d_acces/fichier. La valeur par défaut est le répertoire de base de l'usager qui soumet la tâche. Le même avertissement donné à l'option -o concernant les chemins d'accès reste valable;
  • -p niveau_de_priorité - donne un niveau de priorité de la tâche soumise par rapport aux autres tâches. Les valeurs valides sont entre -1023 et 1024. La valeur par défaut est 0;
  • -t n - lance un groupe de tâches, numérotées de 1 à 'n'
    -t n-m - lance un groupe de tâches, numérotées de 'n' à 'm'
    -t n-m:s - lance un groupe de tâches, numérotées de 'n' à 'm' avec un pas 's' Cette option est très utile pour lancer plusieurs tâches identiques possiblement sur des données ou configurations différentes. L'usager peut différencier les sous-tâches dans le script de tâche grâce à la variable système SGE_TASK_ID;
  • -v VAR=valeur,... - définit ou redéfinit des variables d'environnement qui peuvent être utilisées dans le script soumis à qsub;
  • -verify - ne soumet pas la tâche, mais plutôt affiche des informations sur les options et configurations qui s'appliqueraient à la tâche si elle serait soumise;
  • -hold_jid no_tache|nom_tache[,...] - ne soumet pas la tâche courante que seulement quand la tâche ou les tâches avec no_tache ou nom_tache indiqués n'aient pas fini.